In der ersten Ausstellung nach dem Krieg im Aachener Reiff-Museum, 1945, zeigt Pankok der Öffentlichkeit eine Auswahl jener Bilder, die ihn während der NS Diktatur das Leben gekostet hätten. Es ist zu früh: das Publikum ist für diese Konfrontation noch nicht bereit, die Reaktion ist gespalten.

1946 kehrt die Familie in das mittlerweile renovierte Haus in Düsseldorf zurück. Hulda Pankok gründet den "Drei Eulen Verlag". 1947 und 1948 erscheinen hier Pankoks Bücher "Zigeuner" und "Deutsche Holzschneider". Er nimmt Kontakt mit den wenigen überlebenden Zigeunern auf, die in ihre alte Siedlung am Rande Düsseldorfs zurückkehren, weil sie nicht wissen, wohin sie sonst gehen können. Pankok schreibt für sie unzählige Briefe an die Behörden, kämpft um ihr Recht auf eine Entschädigung. Er zeichnet sie wieder in weiteren "Zigeuner" Bildern oder bearbeitet die alten Heinefelder Motive neu.

1947 wird Pankok als Professor einer Zeichenklasse an die Staatliche Kunstakademie Düsseldorf berufen. Er unterrichtet hier über 10 Jahre. Die Studenten folgen ihm sogar auf seinen Urlaubsreisen.

In den Fünfziger rüstet die Welt wieder auf. Pankok reagiert wie immer prompt: er wird zum erbitterten Gegner der Wiederaufrüstung. Sein Holzschnitt "Christus zerbricht das Gewehr" sorgt zunächst für Aufregung, dann hängt er mit Genehmigung des Papstes sogar im Vatikan. Er wird als Plakat bei den Friedenskundgebungen verteilt und in Kirchen gezeigt. Er ist bis heute ein Symbol der Forderung zum Pazifismus und zählt zu den bekanntesten und am weitesten verbreiteten Werke Pankoks.

Ab 1950 unternimmt Pankok viele Reisen, meistens wieder in den Süden. Er zeichnet Landschaften, Tiere und Portraits der Menschen, denen er begegnet. Seine bevorzugten Subjekte bearbeitet er jetzt als reifer Künstler mit graphischer Akkuratesse in detailreichen, freudvolleren Bildern. In seinem Spätwerk findet man neben den mittlerweile "klassischen" Pankokschen Motive auch neue. 1956 beginnt er in dem Zyklus "Die Räuber vom Liang Schan Moor", einen literarischen Stoff zu illustrieren. Es entstehen auch zahlreiche Plastiken in Bronze. Nach seiner Emeritierung 1958 erwirbt die Familie das "Haus Esselt" in Hünxe / Drevenack bei Wesel. Die letzten Jahre seines Lebens vergehen glücklich in der Idylle der niederrheinischen Landschaft. Pankok zeichnet die Bäume um sein Haus, das Federvieh in seinem Hof oder Stilleben mit Blumen. Er beginnt an einem neuen Zyklus zu arbeiten, "Pan ist tot", beendet ihn aber nicht mehr. Nach einer letzten Reise in die Bretagne stirbt er am 20.10.1966 in Wesel.

Seine Frau Hulda und seine Tochter Eva lassen 1968 ein nebenstehendes Wirtschaftsgebäude von Haus Esselt ausbauen und richten dort das "Otto-Pankok-Museum" ein, in dem das Otto-Pankok-Archiv untergebracht ist. Gleichzeitig wird die Otto-Pankok-Gesellschaft zur "Sicherung seines künstlerischen Nachlasses und zur Erinnerung an sein mutiges Leben in schwerer Zeit" gegründet.