Ab 1933 arbeitete Pankok an einem neuen Zyklus: "Die Passion". Er schließt ihn 1934 ab: 60 Bilder, die das Leben und Tod von Jesus darstellen. Der Zyklus ist Pankoks künstlerische Kampfansage an die Nazis, der Vorbote seines erst begonnenen Widerstandes gegen das NS Regime. Einige Künstlerkollegen, die Mitglieder der ASSO, die vor den Wahlen zum Reichstag Handzettel mit dem Spruch: "Wer Hitler wählt, wählt den Krieg" verteilen, und der Künstlerkreis um Johanna Ey, kommen auf die Schwarzen Listen der NSDAP. Sie werden verfolgt und manche darunter verhaftet. Pankoks erste Bilder der "Passion" werden im Oktober aus der Ausstellung "Westfront 1933" in Essen entfernt. Es ist der Anfang seiner Verfolgung. Sein Haus wird durchsucht, von nun an muss er mit strenger Überwachung, mit Polizeiaufsicht und Arbeitsverbot rechnen. Er sieht sein Leben und seine Arbeit gefährdet. In den nächsten Jahren ist Pankok zuerst allein auf der Flucht, dann wechselt die ganze Familie mehrfach den Wohnsitz: 1936 in Gildehaus, 1937 in Törwang/Oberbayern, zwischen 1938 und 1940 in Bokeloh/Emsland.

Die Wanderausstellung der Nationalsozialisten "Entartete Kunst 37", die bis 1941 in zwölf Städten Deutschlands Station macht, stellt Pankoks Lithographie "Hoto II" (ein Zigeunermädchen) aus. In der Düsseldorfer Hängung fügt man noch originalgroße Fotographien seiner "Passion" hinzu.

Pankoks Kohlezeichnungen aus der Zeit wirken fast hellseherisch. Der "expressive Realismus" seiner Darstellungen ist von Allegorie und Metapher durchdrungen. Er bearbeitet seine Erlebnisse aus dem I. Weltkrieg, nimmt die Massaker des bevorstehenden Krieges vorweg. Seinen gleichgesinnten Freunden schickt er 1938 und 1939 selbst gezeichnete warnende Neujahrsgrüße. 1940 versucht die Familie vergebens in die Schweiz zu emigrieren. Sie kehren nach Bokeloh zurück. Pankok portraitiert Freunde und "Artverwandte im Geist", die, so wie er, von dem NS Regime verfemt und verfolgt werden. Er reagiert auf die Deportationen und die Ermordung jüdischer Bevölkerung, indem er erneut sein künstlerisches Zeugnis ablegt: er beginnt in Bokeloh eine Bilderserie, die er bis zum Kriegsende fortsetzt und die später unter dem Titel "Jüdisches Schicksal" bekannt wird. Ab 1942 lebt die Familie in Pesch, in der Eifel. Ihr Haus in Düsseldorf wird 1942 zerbombt. Das Kriegsende erreicht sie in Pesch, wo sie noch bis 1946 bleiben.